Akvaponika ir jos užuomazgos siekia senovės laikus, kuomet actekai kultivavo žemės ūkio salas, vadinamąja činampos (chinampa, „plaukiojantys sodai“) sistema. Joje augalai buvo auginami ant stacionarių arba plaukiojančių salų sekliose ežero vietose ir specialiuose kanaluose. Činampos sistema laikoma viena pirmųjų žemės ūkio paskirties akvaponikos formų.

Akvaponika pagrįstai laikoma hidroponikos rūšimi. Hidroponikos istoriją pradėjo olandas Johann van Helmont dar pirmajame septynioliktojo amžiaus dešimtmetyje. Johann van Helmont įrodė, kad augalus įmanoma auginti be grunto ir tam tereikia tinkamai paruošti vandenį. Atlikus daugybę tyrimų buvo nustatyta, kad vanduo, naudojamas augalams auginti akvaponikos būdu, išsivalo savaime, t.y. jame ištirpusias įvairias medžiagas įsisavina augalų šaknys. Mūsų laikais šiuo dėsningumu praktiškai naudojasi vandens pasaulio specialistai – akvariuminikai.  Jie pastebėjo, kad akvariumus puošiantys augalai, kurių šaknys įleistos į vandenį, auga taip pat efektyviai, kaip ir augalai, auginami grunte ir intensyviai tręšiami. O žuvys, gyvenančios tokiame augalais papuoštame vandenyje, gerai vystosi, auga, ir dažniausiai neserga jokiomis ligomis.

Šiais laikais, energijos tausojimui ir ekologijos klausimams esant tarp žmonijos prioritetų, unikalus žuvų ir augalų auginimo derinimas, kuris ir vadinamas akvaponika, tampa vis populiaresnis. Akvaponikos esmė yra ta, kad žuvų išskiriami azoto junginiai su vandeniu perpumpuojami į akvaponikos sistemą ir perduodami kaip trąšos auginamiems augalams. Tokioje sistemoje sveikomis sąlygomis užaugusios žuvys ir augalai visuomet yra paklausūs, o ir pačios akvaponikos technologijos potencialas – didžiulis.

Šiek tiek išsamiau apie pačią technologiją:

Akvaponika – tai technologija ir procesas, kurio metu kartu auginamos žuvys ir augalai. Augdamos ir besimaitindamos žuvys išskiria savo biologinės veiklos produktus, kurie joms pačioms yra toksiški. Būtent dėl šios priežasties vandens telkiniuose žuvys serga ir žūsta dažniausiai. Mes auginame žuvis dideliame vandens rezervuare. Rezervuaro vandenį nuolat valome, kad neužsiterštų. Valymo metu surinkti žuvų biologinės veiklos produktai yra ideali trąša įvairiems augalams – ir gėlėms, ir žolei, ir net daržovėms. Šiuo principu ir grindžiama akvaponika.

Iš rezervuaro vanduo, siurbliu pumpuojamas į viršutinę talpą su augalais. Tokiu būdu augalai gauna visas jiems reikiamas maistines medžiagas. Be to, augalai patys išvalo jiems paduodamą vandenį, kuris vėl grąžinamas ten, kur auginamos žuvys. Tad augalai gyvena žuvų dėka, o žuvys – augalų dėka. Štai tokia įdomi gyvūnų ir augalų pasaulio simbiozė.